En marzo de 1999 la Asociación Hermanos Menonitas dio sus primeros pasos en la formación de profesores. El Campus Gutenberg es parte de la Universidad Evangélica del Paraguay.
Durante los primeros años las clases se llevaron a cabo en las instalaciones del Colegio Johannes Gutenberg. El 19 de diciembre de 2001 los primeros 14 profesores se graduaron de de la FAHCE. En el año 2005 se abrió también la carrera de Trabajo Social y en el 2009 se integró la Facultad de Lenguas Vivas (FALEVI) a la FAHCE. El 25 de mayo de 2004 fue posible inaugurar la propia casa de estudios y más tarde se ampliaron las instalaciones con la construcción de una biblioteca amplia en el 2007 y un auditorio en el 2011. Desde el 2015 el Campus Gutenberg también ofrece la carrera de Ciencias Empresariales.